Le recours systématique au séquençage génomique a permis d’identifier de nombreux variants du SARS-CoV-2 qui rendent particulièrement complexe l’analyse dynamique de la pandémie. Ces variants peuvent modifier la transmissibilité de la maladie ainsi que  sa gravité. Mais ils sont également susceptibles de réduire l’efficacité de la vaccination.

Le variant britannique (lignage B.1.1.7) aujourd’hui majoritaire  en France.

Trois principaux variants se sont répandus dans le monde dès la fin 2020 : le variant britannique (B.1.1.7) prédominant en France (plus de deux tiers des cas), les variants Sud Africain (B.1.151) et Brésiliens (P.1) détectés aujourd’hui dans moins de 10% des cas français.

Des mutations fonctionnelles affectant la protéine Spike

Ces variants possèdent une mutation commune (N501Y) dans une région stratégique (RBD: receptor-binding domain) de la protéine Spike, ce qui accroît l’affinité du virus pour son récepteur cellulaire pouvant ainsi augmenter la transmissibilité et la gravité de l’infection. Les variants d’Afrique du Sud et Brésilien possède en plus 2 mutations (E484K et K417N) capable d’induire un échappement immunitaire avec des implications potentielles sur l’efficacité vaccinale.

Variant britannique B.1.17 : COVID-19 plus grave.

Une gigantesque étude de cohorte réalisée en Angleterre, entre Octobre 2020 et février 2021, chez plus de 100.000 sujets recrutés dans des centres de dépistage COVID-19 (un sujet infecté par le variant apparié à un sujet COVID-19 positif historique) a montré une augmentation hautement significative de 64% du risque de décès (soit une augmentation de 2.5 à 4.1 décès/1000 cas). Ces résultats parus dans le British Medical Journal ont été confirmés, notamment au Danemark (données en preprint).

L’impact des variants africains et brésiliens sur la gravité de la maladie reste mal connu. 

Variant Sud Africain B.1.151 : inefficacité du vaccin AstraZénéca.

  Un essai randomisé contre placebo réalisé en Sud Afrique chez plus de 2.000 sujets a montré l’absence de protection conférée par 2 doses du vaccin AstraZénéca dans les formes modérées de COVID-10 liées au variant B.1.151 (efficacité 10%). Les résultats, publiés dans le New England Journal of Medicine, ne peuvent cependant pas être généralisés aux formes graves (absence de décés et/ou d’hospitalisations observés dans l’essai).  

Variants SARS-CoV-2: des données immunologiques contrastées.

Des données multiples et cohérentes indiquent aujourd’hui que la réponse immunitaire des sujets vaccinés varie considérablement en fonction de ces mutations. Ainsi la capacité neutralisante induite par les vaccins est peu altérée avec le variant britannique B1.1.7 (efficacité conservée des vaccins actuels). En revanche, la réponse immunitaire humorale est fortement réduite en présence des variants sud africains (B.1.351) et, à un moindre degré, brésiliens (P.1).  L’impact sur l’immunité cellulaire est moins bien connue (lymphocyte T,..) et le retentissement sur l’efficacité vaccinale reste à établir. Lire dans Cell

L’émergence des variants du SARS-CoV-2 ne fait que traduire l’histoire naturelle des virus dotés d’une capacité adaptative importante. Près de 500.000 séquences virales ont déjà été décrites et la plupart sont sans effet. Le séquençage génomique à large échelle permet aujourd’hui l’identification et la surveillance de nouveaux variants (variant breton par exemple) dont la recombinaison paraît inéluctable mais l’avenir incertain. Ce dépistage massif est l’une des clés de la réussite dans le contrôle de la pandémie notamment par la vaccination qui connaîtra probablement des adaptations nécessaires.